醉驾检查院免诉通常不会留案底，但具体是否留案底需根据案件具体情况分析。
案底，通常指的是犯罪记录，即个人过去因犯罪行为被法院依法审判并判定有罪后所留下的记录。在醉驾案件中，若因情节轻微等原因被检察院作出酌定不起诉决定，通常不会留下犯罪记录，即所谓的“案底”。但若醉驾行为已构成犯罪，只是基于某些法定情形而不起诉，那么仍可能会有相关记录留存，不过这并非严格意义上的刑事案底。
具体来说：
不起诉的法定情形：根据《刑事诉讼法》，若醉驾行为情节较轻，如血液酒精含量刚超过标准不多、未发生交通事故等，且检察院认为其行为不构成犯罪或不应追究刑事责任的，可以作出不起诉决定。在这种情况下，由于未被法院判定有罪，因此不会留下案底。
造成交通事故或应追究刑事责任：若醉酒驾驶造成了交通事故，或检察院认为应当追究刑事责任的并起诉到法院，无论判决结果如何，都会记录在个人档案里，即留下案底。但需要注意的是，这种情况下的记录属于犯罪记录，与醉驾被行政处罚的记录不同。
此外，即使检察院决定不起诉，醉驾行为仍属于严重的交通违法行为。公安机关的交通管理部门可能会对该行为进行记录，并可能给予行政处罚，如吊销驾驶证、罚款等。这些记录虽不属于犯罪记录，但仍可能对个人产生一定影响，如在求职、申请特定许可证或职业资格时可能受到限制或额外审查。
综上所述，醉驾免于起诉是否留案底需根据具体情况分析。但无论如何，醉驾都是极其危险的行为，应坚决杜绝酒后驾车行为，遵守法律法规，珍惜生命和他人的安全。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。