在总包公司上班，但由分包公司发工资，这种情况在劳动关系中确实会带来一些影响，主要体现在以下几个方面：

1. 劳动关系的认定：

   • 通常情况下，工资发放是认定劳动关系的重要因素之一。如果工资由分包公司发放，可能会引发关于你与哪家公司存在劳动关系的争议。这会影响到你的权益保护，比如工伤赔偿、社保缴纳等。

2. 工伤赔偿责任：

   • 如果在工作中发生工伤，由于工资由分包公司发放，可能会涉及总包公司和分包公司之间的责任划分问题。这可能导致你在寻求工伤赔偿时面临更多的复杂性和不确定性。

3. 社保缴纳问题：

   • 工资发放与社保缴纳紧密相关。如果分包公司发放工资但未按规定缴纳社保，或者总包公司和分包公司之间在社保缴纳上存在推诿，都将对你的社保权益造成损害。

4. 劳动权益保障：

   • 由于劳动关系的模糊，你可能会在加班费、年假、解雇补偿等方面遇到权益受损的情况。分包公司可能会以与总包公司的合同关系为由，推卸对你的劳动权益保障责任。

5. 法律诉讼风险：

   • 在发生劳动争议时，由于劳动关系的复杂性，你可能会面临更长的诉讼周期和更高的诉讼成本。同时，法院或仲裁机构在认定劳动关系时也可能存在困难，导致你的权益难以得到及时有效的保护。

因此，如果你正在经历这种情况，建议尽快明确自己的劳动关系归属，确保工资发放和社保缴纳等权益得到妥善保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。