检察院不起诉的案件，违法所得的收缴需根据具体情况移送有关主管机关处理或按照特别程序申请法院裁定。下面是详细分析：

一. 移送有关主管机关处理

1. 处理情形：若检察院决定不起诉，且案件涉及违法所得需要没收的，经检察长批准，检察院应当提出检察意见，将案件移送有关主管机关处理，并要求其及时通报处理情况。这通常适用于因非犯罪嫌疑人死亡原因而作出不起诉决定的情形。
2. 法律依据：根据《人民检察院刑事诉讼规则》的相关规定，人民检察院决定不起诉的案件，需要没收违法所得的，应移送有关主管机关处理。

二. 按照特别程序申请法院裁定

1. 处理情形：若因犯罪嫌疑人死亡而不起诉，需要没收其违法所得及其他涉案财产的，则按照特别程序中的没收程序办理。这包括由检察院向对应的中级法院提出没收违法所得的申请，法院进行审查、受理，并组成合议庭进行审理，最终作出没收或驳回申请的裁定。
2. 具体流程：

    - **申请提出**：由犯罪地或犯罪嫌疑人、被告人居住地的市一级检察院向对应中级法院提出申请。
    - **法院审查与受理**：法院在7日内审查完毕，决定是否受理，并在受理后发出公告，公告期为六个月。
    - **参加诉讼**：相关利害关系人可在公告期内申请参加诉讼。
    - **审理与裁定**：公告期满后，法院组成合议庭进行审理，并作出裁定。
   

3. 法律依据：此流程依据的是《刑事诉讼法》及相关司法解释中关于没收程序的规定。

三. 其他注意事项

• 对于冻结的犯罪嫌疑人存款、汇款等财产需要返还被害人的，检察院可以通知冻结机关返还被害人；对于查封、扣押的财产需要返还被害人的，检察院可以直接决定返还。
• 检察院不能自行对需要没收的财产作出处理，而应按照法定程序移送有关主管机关或申请法院处理。

综上所述，检察院不起诉的案件中违法所得的收缴需根据案件具体情况，要么移送有关主管机关处理，要么按照特别程序申请法院裁定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。