商铺私自打井由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构管。具体分析如下：

一. 监管部门

• 根据《中华人民共和国水法》第六十九条的规定，未经批准擅自取水或者未依照批准的取水许可规定条件取水的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期采取补救措施，并处罚款。这表明，对于商铺私自打井取水的行为，县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构是负责监管和执法的主体。

二. 实际案例

• 以武胜县飞龙镇吉祥街卖水产类的商铺为例，该商铺存在私自打井取水的行为。经过调查，县水务局作为水行政主管部门，已到现场进行执法处理，责令商铺停止私自打井取水行为，并对私井进行掩埋。这一实际案例进一步印证了上述法律法规的适用性和监管部门的职责。

综上所述，商铺私自打井的行为由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构负责监管和执法。如遇类似情况，建议向相关部门举报，以维护水资源的合法利用和公共安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。