当您遇到合同保证金到期但甲方恶意不退的情况时，可以采取以下步骤来维护自己的权益：
一、明确保证金退还情况
首先，需要仔细审查合同中关于保证金退还的具体条款，确保自己满足退还条件。这包括了解保证金的性质、退还的具体约定以及是否存在任何扣除条款。如果合同中明确规定在合同到期后应退还保证金，且您没有违反任何合同条款，那么甲方不退还保证金的行为就构成了违约。
二、与甲方协商
在确认甲方违约后，您可以首先尝试与甲方进行友好协商。可以通过书面或口头形式明确要求甲方按照合同约定退还保证金。在协商过程中，务必保留好所有沟通记录，如聊天记录、通话录音或书面信件等，这些记录将在后续的法律程序中起到重要作用。
三、发送书面退款通知并留存证据
如果协商无果，您可以向甲方发送一份书面的退款通知。在通知中，应明确列出应退还保证金的具体金额、规定的退还期限以及不退还可能面临的法律后果。同时，确保通过可靠的方式发送通知，并保留好发送记录和快递单据等证据。
四、依据合同约定的争议解决方式处理
申请仲裁：如果合同中包含了仲裁条款，您可以根据条款向约定的仲裁机构提交仲裁申请。仲裁程序相对灵活高效，且仲裁裁决具有法律效力。在申请仲裁时，您需要提交相关证据来支持自己的主张。
提起诉讼：如果合同中没有约定仲裁条款或者仲裁不成，您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明合同到期、保证金缴纳情况以及满足退还条件等事实。法院将依据双方提供的证据和相关法律规定作出判决，要求甲方退还保证金并承担相应的违约责任。
五、注意事项
综上所述，当您遇到合同保证金到期但甲方恶意不退的情况时，应首先明确保证金退还情况，与甲方进行协商，并发送书面退款通知并留存证据。如果协商无果，可以根据合同约定的争议解决方式申请仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。