原配在小三已经私下还钱后，仍然起诉要求归还剩余款项是否合理，取决于具体情况。以下是对此问题的详细分析：
若小三已完整归还所有不当获取的钱财：
- 在这种情况下，如果小三归还的钱款是基于认识到自己的行为错误而主动归还，且归还行为没有损害原配的其他权益，没有给原配造成其他经济损失、精神损害等情况，原配再起诉可能不会得到法院支持。因为原配起诉小三的主要目的往往是追回被不当转移的夫妻共同财产，既然财产已归还，起诉的基础事实已不存在。
若小三归还的钱款存在迟延或其他损害：
- 如果小三虽然还钱但存在迟延归还导致原配产生利息损失，或者还钱过程中存在故意损毁财物等其他损害原配权益的行为，原配仍然可以起诉小三要求赔偿相应的损失。
法律原则与起诉条件：
- 从法律层面来讲，起诉必须要有实际的侵害事实以及造成了损失等条件才可以。如果小三的行为已经构成了对原配合法权益的侵害，且这种侵害行为所造成的后果尚未得到弥补或恢复，那么原配可以根据相关法律规定起诉小三，要求其承担相应的法律责任。
- 然而，在小三已经归还钱财，使得财产关系恢复原状的情形下，已不存在可被起诉的法律事由。因为法律旨在维护社会的公平和秩序，当侵害行为所造成的后果已经通过某种方式得到了弥补或恢复，继续进行起诉就可能会导致过度维权，不符合法律的精神和目的。
综上所述，原配在小三已经私下还钱后，是否仍然有权起诉要求归还剩余款项，需要根据具体情况来判断。如果小三已经完整归还了所有不当获取的钱财，且没有给原配造成其他损失或损害，那么原配再起诉可能不会得到法院支持。但如果小三的归还行为存在迟延或其他损害原配权益的情况，原配仍然可以依法起诉要求赔偿。