处理土地权属有争议的土地侵权案件，确实是一个复杂且需要细致操作的问题。以下是对此类案件处理流程的详细解答：

一、明确核心问题

首先，要明确土地权属争议的核心问题，通常涉及土地使用权的归属、边界划定以及是否存在非法侵占等。解决这些问题，需要仔细审查土地使用权证书、地籍资料等关键文件。

二、协商解决

1. 优势：协商解决具有灵活性和自主性，能够节省时间、精力和费用，同时也有利于维护双方关系和社会和谐。
2. 操作方式：争议各方应秉持平等、自愿、公平、合法的原则进行直接沟通，就土地权属、侵权责任以及赔偿等事项进行深入讨论，尝试达成一致意见。

三、行政处理

1. 申请流程：

   • 若协商不成，根据《土地管理法》的相关规定，单位之间的争议由县级以上人民政府处理；个人之间或个人与单位之间的争议，由乡级或县级以上人民政府处理。
   • 当事人需要提交书面申请及相关证据材料，包括土地权属证明、争议情况说明、相关证人证言等。

2. 政府调查与处理：

   • 政府将组织相关部门进行实地调查，查阅相关档案，走访了解情况，并依据法律法规和事实情况作出处理决定。
   • 处理决定会明确土地权属的归属，以及是否存在侵权行为，并给出相应的处理意见。

3. 行政复议：

   • 如果当事人对政府处理决定不服，可以在规定期限内向上一级人民政府申请行政复议，请求重新审查和处理。

四、司法解决

1. 民事诉讼：

   • 适用于土地权属已经明确，但存在侵权行为的情况。当事人可以直接向人民法院提起民事诉讼，要求侵权方停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。

2. 行政诉讼：

   • 如果对政府处理决定不服，并且经过行政复议后仍然不满，当事人可以向人民法院提起行政诉讼，请求审查政府行政行为的合法性。

五、其他关键要点

1. 证据收集与保存：在整个处理过程中，当事人应全程注意收集和保存与土地权属和侵权行为相关的证据材料，如土地证书、合同、照片、证人证言等。这些证据将对后续的处理和诉讼起到至关重要的作用。

2. 遵守法律程序和期限：无论是申请政府处理、行政复议还是提起诉讼，都必须严格遵守法律规定的程序和期限。否则，可能会因为程序问题而导致处理结果的不利。

3. 尊重历史和现实情况：在确定土地权属时，需要充分考虑历史使用情况和现实占有状态。这有助于确保判决的公正性和合理性。

4. 保护弱势群体利益：在处理涉及农民等弱势群体的案件时，应特别关注其合法权益的保护。确保他们能够得到公平对待和合理补偿。

5. 加强土地管理与监管：为防止类似侵权行为再次发生，政府和相关部门应加强土地管理和监管力度。通过完善土地登记制度、加强执法检查等措施，确保土地使用的合法性和规范性。

综上所述，处理土地权属有争议的土地侵权案件需要综合运用多种手段和资源。当事人应积极配合政府和相关部门的调查和处理工作，并寻求专业的法律支持和帮助。同时，政府也应加强土地管理和监管力度，为土地权属的明确和土地使用的合法性提供有力保障。