针对怀孕女员工因公司和其沟通工作后不来上班的情况，处理时需要考虑法律法规对孕期女员工的特殊保护，同时也要遵循公司的规章制度。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
首先，要明确的是，我国法律对孕期女员工有特殊的保护规定。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照该法第四十条（非过失性解除）和第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。同时，《女职工劳动保护特别规定》第五条也明确指出，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。
然而，这并不意味着孕期女员工可以无视公司的规章制度和劳动纪律。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，如果劳动者严重违反用人单位的规章制度，用人单位是有权解除劳动合同的。这一规定同样适用于孕期女员工。
因此，在处理怀孕女员工不来上班的情况时，公司应该：
核实情况：首先，公司需要核实女员工不来上班的具体原因。是因为身体原因无法上班，还是因为其他个人原因选择不来。如果是身体原因，公司应要求其提供相关的医疗证明。
沟通协商：在核实情况后，公司应与女员工进行沟通，了解其不来上班的意愿和打算。如果是因为身体原因需要休息，公司可以与其协商调整工作岗位或提供适当的照顾。如果是因为其他原因，公司应明确告知其不来上班可能带来的后果。
遵循规章制度：如果女员工在未经请假或未提供充分理由的情况下不来上班，且这种行为构成了严重违反公司规章制度的情况，公司有权依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同。但在此之前，公司应确保已经履行了规章制度的公示告知义务，并且该规章制度是经过合法程序制定的。
考虑特殊保护：在决定是否解除劳动合同时，公司应充分考虑女员工的孕期特殊保护。如果女员工的行为虽然违反了规章制度，但并未达到“严重”的程度，或者公司可以通过其他方式（如调整岗位、提供照顾等）来解决问题，那么公司应尽量避免解除劳动合同。
依法处理：如果公司决定解除劳动合同，应确保该决定符合法律法规的规定，并且已经履行了必要的程序（如提前通知、支付经济补偿等）。同时，公司也应做好应对可能发生的劳动纠纷的准备。
综上所述，处理怀孕女员工不来上班的情况需要综合考虑法律法规、公司规章制度以及女员工的实际情况。公司应依法行事，同时也要体现对孕期女员工的特殊关怀和照顾。