在施工合同协议书条款、通用条款与专用条款约定不一致的情况下，一般应以专用条款为准。以下是对这一结论的详细解释：

1. 专用条款的优先性：

   • 专用条款是发包人与承包人根据具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，是对通用条款的具体化、补充或修改。它更能体现双方的特殊需求和真实意思表示。
   • 在实践中，法院在审理案件时，会优先适用专用条款。当通用条款与专用条款就同一事项作出约定的内容不一致时，应首先以当事人明确约定的专用条款为准。

2. 合同解释原则：

   • 合同解释应遵循整体解释原则，综合考虑合同的所有相关条款，包括上下文、合同目的、交易习惯等因素。
   • 在解释合同条款时，还应遵循诚信原则，确保合同解释符合双方的合理预期和公平原则。

3. 特殊情况与例外：

   • 尽管专用条款通常具有优先性，但在某些特殊情况下，如专用条款的约定违反法律法规的强制性规定时，该约定可能无效，需依据法律法规或通用条款来处理。
   • 此外，如果合同中有明确的冲突解决约定，如约定了优先解释顺序，则应遵循该约定。

综上所述，在施工合同中，当协议书条款、通用条款与专用条款约定不一致时，一般应以专用条款为准。但这一原则并非绝对，还需综合考虑合同中的冲突解决约定、合同整体解释原则、特殊约定以及法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会为您提供专业的法律帮助。