夫妻可以在同一个公司但不在同一个部门工作，但具体情况还需根据公司的内部规定和实际情况来判断。

一. 公职人员的任职回避

对于公职人员，根据《中华人民共和国公务员法》第七十四条的规定，公务员之间有夫妻关系、直系血亲关系、三代以内旁系血亲关系以及近姻亲关系的，不得在同一机关双方直接隶属于同一领导人员的职位或者有直接上下级领导关系的职位工作，也不得在其中一方担任领导职务的机关从事组织、人事、纪检、监察、审计和财务工作。这一规定同样适用于事业单位，根据《事业单位人事管理回避规定》，事业单位工作人员有指定亲属关系的，也不得在同一事业单位聘用至具有直接上下级领导关系的管理岗位，或从事特定的财务工作等。

• 例如，如果夫妻双方都是公务员或事业单位工作人员，并且存在直接的上下级领导关系，那么他们就不能在同一单位工作，即使不在同一部门也不行。

二. 一般企业的处理原则

对于非公职人员，即一般的企业员工，法律并没有明确规定夫妻不能在同一单位工作。但是，企业可能会根据自身的管理需要和实际情况，对员工间的亲属关系进行一定的限制或管理。这种限制或管理通常体现在公司的内部规定中，可能包括夫妻不能在同一部门或同一团队工作，或者不能同时担任关键职位等。

• 例如，某些公司可能会规定，为了避免利益冲突和团队内部的不公平现象，夫妻不能在同一部门工作，但可以在不同部门工作。

三. 实际情况判断

因此，夫妻是否可以在同一个公司但不在同一个部门工作，需要具体分析公司的内部规定和实际情况。如果公司的内部规定没有明确禁止夫妻在同一公司但不同部门工作，并且夫妻双方的工作不会相互影响或产生利益冲突，那么他们是可以这样做的。

我建议，在决定夫妻是否在同一公司但不在同一部门工作之前，最好先了解公司的内部规定和实际情况，以避免可能因亲属关系而带来的不必要的麻烦或影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。