针对您提出的“部门自己制定培训制度考核是否违法以及应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、部门自己制定培训制度考核是否违法？
部门自己制定培训制度并进行考核本身并不直接构成违法，但关键在于这些制度是否违反了国家相关的法律、法规规定。具体来说：
合规性：如果部门制定的培训制度和考核标准符合国家法律法规、政策要求，且没有侵犯员工的合法权益，那么这样的制度和考核是合法的。
违法性：反之，如果部门制定的培训制度或考核标准违反了国家法律法规（如《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等），或者存在不公平、不合理的条款，损害了员工的合法权益，那么这样的制度和考核就是违法的。
二、如何处理？
内部审查：部门在制定培训制度和考核标准时，应首先进行内部审查，确保其内容符合国家法律法规和政策要求，不损害员工权益。
员工反馈：在制定过程中，可以广泛征求员工的意见和建议，确保制度的合理性和公平性。同时，员工也有权对不合理的制度提出异议。
合规调整：如果发现制度存在违法或不合理之处，部门应及时进行调整和修正，以确保其合规性。
法律责任：如果部门因制定的培训制度或考核标准违法而给员工造成损害，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，部门应承担相应的赔偿责任，并可能受到劳动行政部门的警告、责令改正等行政处罚。
外部监督：员工或外部机构如果发现部门制定的培训制度或考核标准存在违法问题，可以向劳动行政部门或其他相关部门进行举报或投诉，由相关部门进行调查和处理。
综上所述，部门在制定培训制度和考核标准时，必须确保其内容的合法性和合理性，以维护员工的合法权益和企业的正常运营。如遇到违法问题，应及时调整并承担相应的法律责任。