公司经营不善停薪留职是否合法，需根据具体情况分析。

首先，我们要明确“停薪留职”这一概念。停薪留职通常指的是员工与企业之间达成的一种协议，员工在特定期间内不领取工资，但保留职位，待特定条件满足后再恢复工作。然而，这并不是一项法定的制度，而是企业和员工之间的约定。

1. 若双方有明确约定：

   • 如果公司和员工在劳动合同或其他书面协议中明确约定了停薪留职的条件、期限等，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种停薪留职是合法的。
   • 在这种情况下，公司经营不善可能作为停薪留职的触发条件之一，但具体是否实施还需看双方协议的具体内容。

2. 若无明确约定或约定违法：

   • 如果公司和员工之间没有关于停薪留职的明确约定，或者虽有约定但违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、社会保险缴纳等），那么公司单方面决定停薪留职是不合法的。
   • 特别是在公司经营不善的情况下，如果以此为由擅自停发员工工资，可能构成拖欠工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

此外，即使双方有停薪留职的约定，公司在实施时也应遵循相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。例如，停薪留职期间的社会保险缴纳、劳动合同期限的延续等问题都需要妥善处理。

综上所述，公司经营不善停薪留职是否合法，关键在于双方是否有明确且合法的约定，以及公司在实施时是否遵循了相关法律法规。如果你在这方面有具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。