你好，我是王晶律师，专注于劳动仲裁、交通事故、合同纠纷等领域。关于你提到的“应届毕业生现与用人单位签了用人合同和三方协议，已在用人单位上班，但大学档案……”的问题，虽然描述略显不完整，但我会尽力根据常见情况为你解答。

首先，结论是：应届毕业生与用人单位签订用人合同和三方协议后，即使大学档案尚未转移，也不影响劳动关系的建立和合同的效力。但档案问题仍需妥善处理，以免影响后续事宜。

接下来，我详细解释一下：

1. 劳动关系的建立：

   • 根据《劳动合同法》第七条，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。因此，只要你已经在用人单位上班，无论档案是否转移，劳动关系都已经建立。

2. 合同的效力：

   • 你与用人单位签订的用人合同和三方协议，只要内容合法、双方意思表示真实，就是有效的。档案的转移并不是合同生效的必要条件。

3. 档案的重要性：

   • 虽然档案不是劳动关系建立的必要条件，但它对于劳动者的职业生涯有着重要影响。例如，档案中记录了你的学历、工作经历等重要信息，对于职称评定、社保缴纳、退休等事宜都至关重要。

4. 档案转移的建议：

   • 建议你尽快与用人单位和学校沟通，了解档案转移的具体流程和时间，确保档案能够及时、准确地转移到用人单位。如果因为某些原因档案暂时无法转移，也应与用人单位协商好临时解决方案，并确保不会对你的工作造成不利影响。

综上所述，虽然大学档案尚未转移，但你已经与用人单位建立了劳动关系，且签订的合同是有效的。不过，为了长远考虑，还是建议你尽快处理好档案问题。如果你在这个过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，都可以直接向我咨询。