款项能否对冲，需依据双方的具体合同约定及法律规定来判断。

一. 合同约定优先

1. 对冲条款的审查：首先，应审查双方的合作合同中是否明确约定了款项对冲的条款。若合同中明确规定了款项可以对冲，且对冲的条件、方式、数额等均有详细约定，则双方应按照合同约定执行。
2. 合同解释原则：若合同中未直接提及对冲，但根据合同的整体内容、交易习惯或双方当事人的真实意思，可以推断出款项可以对冲的，也应视为双方有对冲的约定。

二. 法律规定补充

1. 无约定时的处理：若双方合同中未就款项对冲作出约定，或约定不明确，此时应参考相关法律规定。《民法典》第五百六十条规定：“当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销。”这表明，在法律层面，款项对冲（即抵销）是允许的，但前提是双方需协商一致。
2. 法定抵销的条件：根据法律规定，法定抵销需满足以下条件：双方互负债务；双方债务均已到期；债务的标的物种类、品质相同或经协商一致。若双方款项满足这些条件，且无法律禁止抵销的情形，则一方有权主张抵销。

三. 实际操作建议

1. 协商沟通：在款项对冲问题上，双方应首先进行协商沟通，明确对冲的意愿、条件、方式等，以确保双方权益得到保障。
2. 书面确认：为避免后续纠纷，双方应将协商结果以书面形式确认下来，如签订补充协议或备忘录等。

我建议，在处理款项对冲问题时，双方应首先审查合同约定，并参考相关法律规定。在协商一致的基础上，确保对冲操作符合法律法规的要求，以维护双方的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。