母亲出资以两个未成年孩子申请的宅基地并取得宅基地使用证，这一行为的合法性需根据具体情况分析。

一. 宅基地使用权的主体资格

• 根据《土地管理法》第六十二条，宅基地使用权的主体应是农村集体经济组织的成员，且通常是以户为单位进行申请。未成年孩子作为家庭成员，可以包含在以户为单位的申请中。

二. 出资与申请宅基地的关系

• 母亲出资并不直接影响宅基地使用权的申请和取得。关键在于申请是否符合土地管理法规，以及是否得到了相关部门的批准。
• 如果母亲以两个未成年孩子的名义申请宅基地，并且得到了相关部门的批准，取得了宅基地使用证，那么这一行为在法律上是合法的。

三. 宅基地使用证的法律效力

• 宅基地使用证是证明宅基地使用权归属的法律凭证。如果母亲已经取得了宅基地使用证，且该证上登记的使用权人是两个未成年孩子，那么这通常意味着该宅基地的使用权已经得到了法律上的确认。

四. 特殊情况下的考量

• 如果存在虚假申请、非法占用土地等违法行为，即使取得了宅基地使用证，也可能面临法律责任。
• 如果未成年孩子未来成年后不再属于该农村集体经济组织，或者宅基地的使用违反了土地管理法规，那么宅基地使用权可能会受到影响。

综上所述，母亲出资以两个未成年孩子申请的宅基地并取得宅基地使用证，在符合土地管理法规、得到相关部门批准的情况下，是合法的。但如果存在违法行为或未来情况发生变化，宅基地使用权可能会受到相应影响。我建议您检查相关申请和批准文件，确保一切合法合规。如有进一步需要，您可以继续咨询我。