针对您提出的“父子两个户口本两个宅基证是否合法”的问题，这主要涉及到我国农村宅基地的“一户一宅”原则及其例外情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，根据我国《土地管理法》第六十二条的规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，这是为了保障农村土地资源的合理利用和避免浪费。这一原则通常被称为“一户一宅”原则。
然而，在实际操作中，也存在一些例外情况，使得“一户多宅”在某些特定条件下是合法的。这些例外情况主要包括：
合法继承：如果因继承房屋而占用宅基地，形成“一户多宅”的情况，这是合法的。在这种情况下，可以按规定进行确权登记，并在不动产登记簿和证书附记栏进行注记。
合法分户：如果符合当地分户建房条件但未分户，且未经批准另行建房分开居住的，其新建房屋占用的宅基地如果符合相关规划，并经过本农民集体经济组织或村民委员会同意并公告无异议或异议不成立的，可以按规定补办有关用地手续后，依法予以确权登记。
历史遗留问题：对于因历史原因形成的“一户多宅”问题，可以参照相关政策文件进行处理。如果合法取得的宅基地，均可以予以确权登记。
其他合法事由：如通过合法买卖多出来的房屋（在符合当地规定和程序的前提下），或者通过与父母分户新建的房屋等，虽然形成“一户多宅”的情形，但如果有合法事由，也不算违法。
针对您提出的具体情况，即父子两个户口本两个宅基证，我们需要考虑以下几点：
因此，要判断父子两个户口本两个宅基证是否合法，关键在于看他们是否符合当地分户建房的条件，以及宅基地的取得是否合法。如果符合相关条件且宅基地取得合法，那么就是合法的；否则，就是不合法的。
最后，我建议您如果对此有进一步的疑问或需要更具体的法律指导，可以咨询当地的国土资源部门或法律专业人士，以获取更准确和权威的信息。