饿了么企业劳动争议问题，员工可以申请劳动仲裁。针对此类问题，我们进行以下详细分析：

一. 劳动争议的范畴

1. 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，劳动争议包括但不限于因确认劳动关系、劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止、除名、辞退和辞职、离职、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护、劳动报酬等发生的争议。
2. 年终奖作为劳动报酬的一部分，若单位未按照薪酬制度发放，同样属于劳动争议范畴，员工有权申请劳动仲裁。

二. 饿了么企业劳动争议的特殊性

1. 饿了么作为一家大型企业，其劳动争议可能涉及复杂的劳动关系、薪酬制度及福利待遇等问题。
2. 若员工与饿了么之间就年终奖、工资、加班费等劳动报酬问题产生争议，员工可依据相关法律法规申请劳动仲裁。

三. 申请劳动仲裁的建议

1. 准备充分证据：员工在申请劳动仲裁前，应收集与争议相关的所有证据，如劳动合同、薪酬制度、工资单、加班记录等。
2. 明确争议焦点：在申请劳动仲裁时，应清晰明确地指出争议焦点，如年终奖未发、工资拖欠等。
3. 遵循仲裁程序：按照当地劳动争议仲裁委员会的要求，提交仲裁申请，并积极参与仲裁过程。

综上所述，饿了么企业劳动争议问题，员工完全有权根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》申请劳动仲裁。在申请前，建议员工准备充分证据，明确争议焦点，并遵循仲裁程序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。