股权质押和在建工程抵押是两种不同的担保方式，它们之间的主要区别体现在担保物的性质、占有状态以及具体的操作流程上。

1. 担保物的性质不同：

   • 股权质押的担保物是股权，即股东对公司的权益，这种权益可以是普通股、优先股或其他形式的股权。
   • 在建工程抵押的担保物则是在建工程，即正在建设中的建筑物或构筑物，以及与之相关的土地使用权等。

2. 占有状态不同：

   • 在股权质押中，股东将其股权的占有权转移给债权人，但保留其股权的收益权和处置权（在质押期间受限）。这意味着，在股权质押期间，股东仍然享有公司的利润分配权，但无法对股权进行转让或再次质押，且股权的保管责任转移到了债权人手中。
   • 而在建工程抵押中，抵押物（在建工程）的占有并没有转移，仍由抵押人（通常是开发商或建设单位）负责保管和继续建设。

3. 操作流程不同：

   • 股权质押的操作流程通常包括：了解出质人及拟质押股权的情况、得到公司半数以上股东的同意、签订股权质押合同、办理股权出质登记等步骤。
   • 在建工程抵押的操作流程则可能涉及：评估在建工程的价值、签订抵押合同、办理抵押登记、在必要时进行保险以确保抵押物的价值等步骤。

综上所述，股权质押和在建工程抵押在担保物的性质、占有状态以及操作流程上存在显著差异。选择哪种担保方式，通常取决于债务人的资产状况、融资需求以及债权人的风险偏好等因素。如有进一步的问题或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。