非法集资诈骗公司的员工处理方式主要依据他们在犯罪中的具体作用和行为。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们要明确的是，并非所有非法集资公司的员工都会承担刑事责任。如果员工对公司的非法集资行为并不知情，或者虽然知情但并未参与任何违法活动，那么他们通常不需要承担刑事责任。然而，如果员工积极参与了公司的非法集资活动，如协助进行公开吸纳存款、宣传推广、协助转移资金等，并从中获取了回扣、佣金或提成等额外收益，那么他们就有可能被视为共同犯罪行为中的帮凶，必须承担相应的刑事责任。
对于员工的刑事责任，司法机关会综合考虑多种因素进行量刑，包括员工在犯罪中的作用、参与程度、是否知晓诈骗本质、获利情况，以及退赃退赔情况等。具体来说：
如果员工是主要策划者或积极实施诈骗行为，起主要作用，那么他们可能会按主犯论处，量刑较重。根据《刑法》规定，数额较大的，可能处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；数额巨大或有其他严重情节的，可能处七年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。
如果员工仅从事辅助性工作，如一般行政、后勤人员等，且并未从非法集资活动中获取额外利益，那么他们可能会被认定为从犯，依法应从轻、减轻处罚或免除处罚。
此外，如果员工能及时退还相关款项和费用，或者积极配合调查、主动退赃退赔，那么在量刑时可能会获得从轻处罚。
总的来说，非法集资诈骗公司员工的处理方式需要综合考虑多种因素，包括他们在犯罪中的作用、参与程度、是否知晓诈骗本质、获利情况以及退赃退赔情况等。司法机关会根据这些因素进行精准量刑，以确保法律的公正和公平。同时，也提醒广大员工要时刻保持警惕，不要参与任何非法活动，以免触犯法律。