办理动物防疫条件合格证时，土地确实需要合法化。虽然直接的法规条文中并未明确提及土地合法化作为办理动物防疫条件合格证的直接条件，但从实际操作和法规精神来看，土地的合法性是隐含在其中的基本要求。

首先，根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，申请动物防疫条件合格证需要向县级以上地方人民政府兽医主管部门提出申请，并提交一系列材料，包括《动物防疫条件审查申请表》、场所地理位置图、各功能区布局平面图等。这些材料的提交，实际上已经隐含了对土地合法性的要求。因为，如果土地不合法，那么建立在这块土地上的动物饲养场、屠宰加工场所等就无法获得合法的地位，也就无法满足动物防疫条件合格证的申请要求。

其次，从实际办理过程中来看，相关部门在审核申请材料时，也会对土地的合法性进行审查。如果土地存在违法情况，如未取得土地使用权、土地用途不符合规定等，那么申请就很可能会被驳回。

因此，虽然法规条文中并未直接提及土地合法化作为办理动物防疫条件合格证的条件，但在实际操作中，土地的合法性是办理该证的重要前提。因此，在申请动物防疫条件合格证之前，务必确保土地的合法性，以免因土地问题导致申请失败。