针对您提出的高标准农田改造过程中水利设施被毁的问题，以下是一些具体的建议和解决方案：

首先，您需要立即对受损的水利设施进行详细的排查和评估。这一步骤至关重要，因为它将帮助您全面了解设施受损的严重程度和具体范围，从而为您后续的修复工作提供有力的数据支持。在排查过程中，建议您重点关注沟渠、桥涵等过水工程，以及机电井及其配套等供水工程，确保没有遗漏。

接下来，根据排查和评估的结果，您需要科学制定水毁工程修复方案。这一方案应该根据设施受损的严重程度和类型进行分类处理。对于需要全面重建的设施，您应该考虑综合配套田土水路林电等工程措施；对于只需要局部修复的设施，您可以采取移除农田积压砂石、恢复土壤耕作层、疏浚堵塞渠系、修复毁坏工程等措施；对于一些轻微受损的设施，您可以发动当地群众自行修复，或者组织专业施工队伍进行及时抢修。

在修复方案的实施过程中，资金筹措是一个关键环节。您可以积极争取财政部门的支持，申请农业生产恢复和水毁水利工程设施修复资金。同时，您也可以考虑将历年高标准农田建设节余资金用于灾毁农田修复，以确保修复工作的顺利进行。

此外，为了加快修复进度，您可以采取一些有效的组织措施。例如，通过一事一议的方式选取施工单位，快速组织施工单位开展工作；结合正在开展的农田水利设施排查整改工作，将受损机电井修复一并纳入排查整改范围，确保在规定时间内完成修复任务。

最后，为了防止类似情况再次发生，您需要加强对高标准农田水利设施的日常管护和投入。建立相对应的管护机制，确保设施的长期稳定运行；同时，根据农民生产区域密集程度，合理规划布局农田水利设施，提升农业综合生产能力，改善农业生产条件。

总之，面对高标准农田改造过程中水利设施被毁的问题，您需要采取一系列有效的措施来确保设施的及时修复和长期稳定运行。希望以上建议能够对您有所帮助。