基本农田被水淹没后能否改造为高标准农田，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若淹没是短期、可逆的（如暴雨积水），且农田基础条件未被破坏
   根据《基本农田保护条例》及《高标准农田建设通则》，基本农田的改造需以“不破坏耕地质量、不改变土地用途”为前提。若淹没未导致土壤结构严重破坏（如未形成盐碱化、沙化），且农田原有灌溉排水设施可通过修复恢复功能，则可以申请改造为高标准农田，但需履行以下程序：

   • 向县级农业农村部门提交改造方案，明确修复内容（如疏通排水、土壤改良）；
     
   • 确保改造后符合高标准农田“田成方、渠相连、路相通”的标准；
     
   • 不得占用永久基本农田红线外的其他土地。
     

2. 若淹没导致土壤长期不可逆损害（如盐碱化、重金属污染）
   根据《土地管理法》第四十五条，永久基本农田的改造需严格限制，仅在“国务院批准的重大建设项目”或“省级政府论证的生态修复项目”中可调整。若淹没导致土壤质量下降至无法恢复农业用途，需先通过土地整治项目恢复地力，再申请高标准农田建设，且需满足：

   • 完成土壤污染修复并达标（参照《土壤环境质量 农用地土壤污染风险管控标准》）；
     
   • 重新划定为永久基本农田（需省级政府批准）；
     
   • 改造资金需纳入省级高标准农田建设专项预算。
     

3. 若淹没区域涉及生态保护红线或自然保护区
   根据《自然保护区条例》及《关于在国土空间规划中统筹划定落实三条控制线的指导意见》，即使农田被淹没，也不得擅自改造为高标准农田。需先由生态环境部门评估生态影响，若涉及核心保护区，可能需退耕还湿或生态移民。

实务建议：

• 立即联系当地农业农村局，对淹没农田进行土壤检测和地力评估；
  
• 若符合改造条件，需在当年10月底前（部分省份）申报下一年度高标准农田建设项目；
  
• 改造过程中需保留改造前后的影像资料，避免被认定为“非农化”行为。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步提供细节，我将结合《土地管理法实施条例》及地方性法规为您细化分析。