行政机关对以涉及商业秘密为由不予公开政府信息的行为负有举证责任。

一. 法律依据明确

1. 《中华人民共和国政府信息公开条例》第十五条：涉及商业秘密、个人隐私等公开会对第三方合法权益造成损害的政府信息，行政机关不得公开。但是，第三方同意公开或者行政机关认为不公开会对公共利益造成重大影响的，予以公开。此条款虽未对“商业秘密”进行明确界定，但确立了行政机关在涉及商业秘密时的信息公开原则。
2. 《中华人民共和国反不正当竞争法》第九条第四款：本法所称的商业秘密，是指不为公众所知悉、具有商业价值并经权利人采取相应保密措施的技术信息、经营信息等商业信息。此条款为判断政府信息是否构成商业秘密提供了具体标准。

二. 举证责任分析

1. 行政机关的审查义务：行政机关在办理政府信息公开过程中，应当依据《反不正当竞争法》的规定，对政府信息是否涉及商业秘密进行审查。这包括从秘密性、价值性、实用性、保密性等方面来判断政府信息是否真正构成商业秘密。
2. 举证责任归属：根据最高人民法院的相关判例，行政机关不能单纯以第三方是否同意公开作为决定公开与否的唯一依据。人民法院在合法性审查中，会根据行政机关的举证来判断是否构成商业秘密。因此，行政机关对是否属于商业秘密负有举证责任。
3. 具体案例支持：如在“王宗利诉天津市和平区房地产管理局案”及“北京北方国讯通讯有限责任公司诉北京市海淀区人民政府案”中，法院均强调了行政机关对涉及商业秘密的政府信息负有举证责任，不能仅以第三方不同意公开为由拒绝公开。

三. 实践应用

• 以本案为例，若行政机关以涉及商业秘密为由拒绝公开某政府信息，申请人不服并提起行政复议或行政诉讼，行政机关需承担举证责任，证明该信息确实构成商业秘密，且公开会对第三方合法权益造成损害。若行政机关无法充分举证，则其拒绝公开的行为将被视为违法。

综上所述，行政机关在以涉及商业秘密为由不予公开政府信息时，必须承担举证责任，证明该信息确实符合商业秘密的构成要件，且公开会对第三方造成损害。否则，其拒绝公开的行为将缺乏法律依据。如有进一步需要，您可以继续咨询我。