员工自行离职，单位是否能扣工资，需根据具体情况判断。一般情况下，单位不得无故克扣工资；但在特殊情形下，如员工给单位造成经济损失或未提前通知离职，单位可以合理扣除部分工资。

一、一般情况下的工资支付

根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《工资支付暂行规定》，劳动者提供正常劳动后，用人单位有义务按月以货币形式支付相应的工资报酬。这意味着，即使劳动者选择自行离职，对于其实际工作期间所产生的劳动成果，用人单位也应当按照约定支付工资，不得无故克扣或拖欠。

二、特殊情形下的工资扣除

1. 给单位造成经济损失：

   • 如果员工的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明损失金额，那么用人单位有权要求员工进行赔偿。这种赔偿可以从员工的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。

2. 未提前通知离职：

   • 如果员工未按照法律规定或劳动合同约定提前通知用人单位而擅自离职，且劳动合同中有明确约定此种情况下可以扣除一定工资作为代通知金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据约定扣除相应金额。但需要注意的是，各地司法实践对于这种约定的效力认定可能存在差异。

三、员工的权益保障

• 用人单位在扣除工资时，必须有明确的法律依据或合同约定，并且要遵循法定程序。如果员工认为用人单位克扣工资的行为不合理或不合法，首先可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

四、建议

• 对于用人单位而言，应完善内部管理制度，明确员工离职流程和交接要求，及时收集和保留员工自离造成损失的证据。
• 对于员工而言，应遵守离职规定，提前通知用人单位并做好工作交接，避免给用人单位造成不必要损失，同时了解自己的权利和义务，在遇到问题时及时寻求法律帮助。

综上所述，员工自行离职是否会扣工资并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。在任何情况下，用人单位都应遵守法律规定，确保员工的合法权益不受侵害。