自主离职是否可以扣工资，需根据具体情况判断。一般情况下，单位不得无故克扣工资；但在特殊情形下，如给单位造成经济损失或未提前通知离职，单位可以合理扣除部分工资。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的工资支付
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条、《中华人民共和国劳动合同法》第三十条以及《工资支付暂行规定》的相关规定，劳动者提供正常劳动后，用人单位有义务按月以货币形式支付相应的工资报酬。这意味着，即使劳动者选择自行离职（自离），对于其实际工作期间所产生的劳动成果，用人单位也应当按照约定支付工资，不得无故克扣或拖欠。
二、特殊情形下的工资扣除
给单位造成经济损失：
- 如果劳动者的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者进行赔偿。这种赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。
- 实例分析：如员工违规操作导致机器损坏给公司造成损失，公司可根据规定要求员工赔偿，并从其工资中按比例扣除。
未提前通知的代通知金：
- 如果劳动合同中有明确约定，劳动者未提前通知用人单位而擅自离职需要支付相当于一定时间工资的代通知金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据约定扣除相应金额。然而，需要注意的是，各地司法实践对于这种约定的效力认定可能存在差异。
- 实例分析：若合同中约定员工离职需提前30天通知，否则需支付一个月工资作为代通知金，且该约定合法，则员工未提前通知离职时，单位可扣除一个月工资。
违反服务期或竞业限制约定：
- 如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用并约定了服务期，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。同样，如果劳动者违反竞业限制约定，也需要按照约定向用人单位支付违约金。这些违约金在特定情况下可能从工资中扣除，但需严格遵循法律规定和合同约定。
- 实例分析：如企业出资送员工参加专业技能培训并约定服务期，员工在服务期内自动离职，则需按约定支付违约金，企业可从其工资中扣除相应金额（但需注意扣除比例和最低工资标准）。
三、劳动者的权益保障
- 用人单位在扣除工资时，必须有明确的法律依据或合同约定，并且要遵循法定程序。如果劳动者认为用人单位克扣工资的行为不合理或不合法，首先可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
四、总结与建议
综上所述，自主离职是否会扣工资并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。在任何情况下，用人单位都应遵守法律规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。同时，劳动者也应了解自己的权利和义务，在离职前尽量与用人单位协商好相关事宜，避免不必要的纠纷。
如果您在自主离职过程中遇到工资被扣的问题，或者有任何其他劳动纠纷方面的疑问，欢迎直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。