机动车在有机动车停车位的非机动车道上行驶，如果未按照规定使用停车位且影响了非机动车的正常行驶，是违法的。具体分析如下：

一. 一般情况下的违法性判断

1. 非机动车道的定义与用途：非机动车道是专为非机动车设计的通行道路，供自行车、电动自行车等非机动车辆使用。机动车一般情况下不得在非机动车道上行驶，以免影响非机动车的正常行驶和安全。
2. 机动车停车位的设置：虽然非机动车道上可能设有机动车停车位，但这并不意味着机动车可以在非机动车道上自由行驶。机动车停车位是供机动车停放使用的，而非行驶通道。
3. 行驶与停车的区别：机动车在非机动车道上的停车位内停放是合法的，但如果在非机动车道上行驶，尤其是未按照规定使用停车位，就构成了违法行为。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车应当按照规定车道行驶，不得随意占用非机动车道。
• 同时，该法也规定了机动车应当在规定的地点停放，不得妨碍其他车辆、行人的通行。

三. 特殊情况下的考虑

• 如果非机动车道上的机动车停车位是依法施划的，并且机动车在行驶过程中确实需要短暂借道通过，且未对其他道路使用者造成安全隐患，这种情况下可能不被视为违法。但这种情况需要严格判断，并确保安全。

我建议：机动车驾驶人应严格遵守道路交通安全法律、法规，按规定车道行驶和停车。即使在非机动车道上有机动车停车位，也不应随意在非机动车道上行驶，以免影响非机动车的正常通行和安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。