针对您提出的“车库当商铺经营多年怎么追缴罚款”的问题，首先需要明确的是，将车库改为商铺进行经营属于擅自改变建筑物用途的行为，这通常违反了城市规划、建筑管理以及工商登记等相关法律法规。因此，追缴罚款的具体流程和金额将依据当地相关法规及政策而定。以下是我根据您的情况给出的一些具体建议：

1. 了解违规情况：

   • 首先，您需要了解具体的违规事项，包括擅自改变建筑物用途的具体条款，以及可能涉及的罚款金额和计算方式。
   • 查阅当地的城市规划法、建筑管理法、工商登记条例等相关法律法规，或咨询当地相关部门，以获取准确的信息。

2. 主动与执法部门沟通：

   • 在了解违规情况后，建议您主动与当地的城市管理执法部门或相关行政机构取得联系。
   • 说明情况，了解罚款的具体金额和缴纳方式，以及是否需要补办相关手续或进行整改。

3. 按规定缴纳罚款：

   • 根据执法部门提供的罚款通知单或缴费指南，按规定的时间和方式缴纳罚款。
   • 如果罚款金额较大，您可以咨询执法部门是否提供分期缴纳或缓缴的政策。

4. 补办手续或整改：

   • 如果需要补办相关手续或进行整改以符合法规要求，您应积极配合并尽快完成。
   • 这可能包括申请工商变更登记、提交建筑改造审批材料、进行消防安全检查等。

5. 避免未来违规：

   • 在缴纳罚款并完成整改后，您应确保未来不再发生类似违规行为。
   • 加强对相关法律法规的学习，确保经营活动的合法性和合规性。

请注意，不同地区的具体法规和政策可能有所不同，因此建议您在处理此事时务必咨询当地相关部门或专业律师以获取准确的信息和建议。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的帮助，请直接向我咨询。