首先，我们需要明确一点：员工违章通常不能直接从工程款中扣除。工程款是项目或工程合同约定的款项，与员工个人违章行为本应是两个独立的事项。现在，我将从几个角度来分析这个问题，并给出相应的建议。

1. 法律合规性：

   • 根据劳动法和相关法规，员工的违章行为应当通过合法的途径进行处理，如警告、罚款、解雇等，但这些处理措施都需要遵循法律程序，并且不能直接从工程款中扣除。
   • 如果雇主试图从工程款中扣除员工违章的款项，可能会面临法律风险，包括被员工投诉、劳动仲裁或法律诉讼等。

2. 合同约定：

   • 雇主和员工之间应当有明确的劳动合同或相关协议，其中应规定员工违章的处理方式和责任承担。
   • 如果合同或协议中没有明确约定可以从工程款中扣除违章款项，那么雇主就不能擅自这样做。

3. 处理建议：

   • 对于员工的违章行为，雇主应当首先进行内部调查，确认违章事实，并依据公司规章制度或劳动合同进行处理。
   • 如果需要对员工进行经济处罚，应当通过合法的途径进行，如从员工的工资中扣除，但这也需要遵循法律程序，并且不能违反最低工资标准等法律规定。
   • 如果雇主认为员工的违章行为导致了工程款的损失，可以考虑通过法律途径向员工追偿，但这需要提供充分的证据来证明损失与员工违章之间的因果关系。

4. 沟通协商：

   • 在处理员工违章问题时，雇主应当与员工进行充分的沟通，解释违章行为的严重性和后果，并听取员工的陈述和申辩。
   • 通过沟通协商，可以寻求双方都能接受的解决方案，避免不必要的法律纠纷。

综上所述，员工违章不能直接从工程款中扣除。雇主应当遵循法律程序和公司规章制度来处理员工的违章行为，并通过合法的途径进行经济处罚或追偿。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。