分居有经济来往并不影响起诉离婚。关键在于是否能证明夫妻双方因感情不和分居满二年，并且调解无效。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律规定：

   • 根据我国法律，夫妻双方因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。这是判断夫妻感情是否破裂的重要依据之一。

2. 经济来往的影响：

   • 夫妻间的经济来往，在离婚时主要涉及共同财产的认定与分割。但这并不影响离婚判定的本身。
   • 即便分居期间有经济来往，只要能够证明双方是因感情不和而分居，并且分居时间满足法律要求，那么就可以提出离婚诉讼。

3. 证据的重要性：

   • 在离婚诉讼中，证据是关键。例如分居协议、租房合同、证人证言等，都可以作为证明夫妻感情破裂和分居事实的证据。
   • 如果有证据表明经济来往仅仅是出于必要的事务性往来，而并非感情上的联系，那么这更有利于离婚判决。

4. 法院的判断：

   • 法院在判决离婚时，会综合考虑全案证据，包括分居事实、感情状况、经济来往的性质和频率等。
   • 如果法院认为，尽管有经济来往，但双方已无感情交流、互不履行夫妻义务，且分居满二年是因感情不和导致，那么就会判决离婚。

综上所述，分居期间有经济来往并不影响你提出离婚诉讼。关键在于你是否能证明夫妻双方因感情不和分居满二年，并且调解无效。如果你有相关的证据和情况，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和指导。