自然人作为中介人的中介合同约定中介报酬的个税由委托人承担，这一约定并不违反法律的强制性规定，因此是合法的。下面我从几个角度来分析这个问题：

1. 合同约定自由原则：

   • 在民事合同中，当事人享有广泛的合同自由，包括约定合同内容、选择合同形式等。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。
   • 因此，自然人作为中介人与委托人之间约定中介报酬的个税由委托人承担，是双方自愿协商的结果，符合合同约定自由原则。

2. 税收法定原则与个税承担：

   • 税收法定原则要求税收的征收必须基于法律的规定。个税的纳税义务人是取得收入的个人，即中介人。
   • 但这并不意味着个税的承担者不能通过合同约定进行转移。在实践中，合同双方可以通过约定来明确税费的承担方。
   • 因此，中介合同中约定个税由委托人承担，并不违反税收法定原则。只是在实际操作中，需要中介人提供必要的个税缴纳凭证，以便委托人进行账务处理。

3. 法律后果与风险：

   • 如果双方按照合同约定履行，即委托人承担了中介报酬的个税，那么这一约定对双方都是有约束力的。
   • 但如果委托人未按照约定承担个税，中介人仍有义务依法缴纳个税。此时，中介人可以依据合同约定向委托人追索相关费用。
   • 需要注意的是，如果合同中的约定存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，可能会导致合同部分或全部无效。因此，在签订合同时，双方应确保合同内容的合法性、公平性和真实性。

综上所述，自然人作为中介人的中介合同约定中介报酬的个税由委托人承担是合法的。但双方在签订合同时应谨慎考虑，确保合同内容的合法性和有效性。如果在实际履行过程中发生争议，可以寻求法律途径进行解决。