国企职工贪污调查阶段外逃，是会被立案的。以下是具体的分析：

首先，贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。国企职工如果涉嫌贪污，那么其行为就已经触犯了刑法，无论其是否外逃，都不影响对其行为的立案调查。

其次，在调查阶段，如果国企职工选择外逃，这实际上是一种逃避法律制裁的行为。外逃并不能改变其涉嫌犯罪的事实，反而可能会加重其法律责任。因为外逃行为本身就可能构成新的犯罪，如逃匿罪等。

最后，对于外逃的国企职工，司法机关会采取一系列措施来追捕归案，包括但不限于冻结银行账户、查封财产等。一旦被抓获归案，其将面临法律的严惩。

因此，国企职工如果涉嫌贪污，在调查阶段应该积极配合调查，而不是选择外逃。如果外逃，不仅不能逃避法律制裁，反而可能会面临更加严重的法律后果。如果你或你身边的人面临类似的情况，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解法律风险和应对策略。