两人合伙开公司，占比大的股东修改公司章程，并不一定违法。具体是否违法，需要根据实际情况来判断。下面我为你详细分析：

1. 公司章程的性质与修改程序：

   • 公司章程是公司的基本法律文件，规定了公司的组织、经营、管理等基本事项。
   • 修改公司章程通常需要遵循公司章程中规定的程序，这可能包括股东会的决议、特定比例的股东同意等。

2. 占比大的股东的权利与限制：

   • 占比大的股东在公司中通常拥有较大的话语权，但其权利也受到公司章程、公司法以及可能存在的股东协议等法律文件的限制。
   • 如果公司章程或相关法律文件规定了修改公司章程需要特定比例的股东同意（如三分之二以上），那么占比大的股东即使占比再大，也不能单方面修改公司章程，除非其持股比例已经达到了这一要求。

3. 可能的违法情况：

   • 如果占比大的股东未经法定程序或违反公司章程的规定，擅自修改公司章程，那么这种行为可能是违法的。
   • 违法修改公司章程可能会导致公司内部的法律纠纷，甚至可能引发外部法律责任，如对公司债权人的赔偿责任等。

4. 建议与注意事项：

   • 如果你或你的合作伙伴是公司股东，且有意修改公司章程，建议先查阅公司章程中关于修改程序的规定，并确保遵循这些规定。
   • 如果不确定如何操作或担心可能涉及法律风险，建议咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询），以确保你的行为合法合规。

综上所述，两人合伙开公司时，占比大的股东修改公司章程是否违法，取决于是否遵循了公司章程中规定的修改程序以及是否违反了相关法律法规。因此，在进行此类操作前，务必谨慎并咨询专业意见。