在探讨签订三方变更协议将土地受让人变更为子公司的适用情形时，我们首先要明确这一操作的法律背景和具体条件。以下是对该问题的详细解答：

结论前置

签订三方变更协议将土地受让人变更为子公司，主要适用于母公司先与政府签订土地协议取得土地开发权益，但计划以子公司名义进行开发的情况。这一操作需要满足特定的法律条件和程序。

详细解答

1. 适用情形：

   • 母公司作为原始土地受让人，已经与政府签订了土地出让合同或取得了土地开发权益。
   • 母公司出于经营策略、税务规划或风险管理等考虑，希望将土地开发权益转移给其全资子公司进行实际开发。

2. 法律条件：

   • 根据《国家税务总局关于明确金融 房地产开发 教育辅助服务等增值税政策的通知》(财税[2016]140号)的相关规定，要满足以下条件：
     • 房地产开发企业（母公司）、项目公司（子公司）、政府部门三方需签订变更协议或补充合同，明确将土地受让人变更为子公司。
     • 在政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额应保持不变。
     • 子公司的全部股权应由受让土地的房地产开发企业（母公司）持有，确保土地开发权益的合法转移。

3. 操作流程：

   • 协议签订：母公司、子公司和政府部门三方共同签订变更协议或补充合同，明确土地受让人的变更事宜。
   • 土地价款与票据变更：确保土地价款总额不变，并办理相关票据的变更手续，将原始票据交还财政，根据新签署的合同重新换取子公司抬头的票据入账。
   • 股权结构：确保子公司的全部股权由母公司持有，以符合法律要求。

4. 注意事项：

   • 在实际操作中，应尽量避免母公司直接转让土地给子公司，而是利用政府层面的实施主体变更来实现土地开发权益的转移。
   • 如果企业同政府没有预先设计好相关流程，可能会面临出让金专用票据开给母公司无法更换到子公司的情形，这时需要谨慎处理，以免被视为土地使用权转让而需缴纳相关税金。

5. 法律后果：

   • 如果未能按照法律规定和程序进行土地受让人变更，可能会面临土地使用权转让的税务风险和其他法律纠纷。
   • 遵守相关法律规定和程序进行变更，可以确保土地开发权益的合法转移，并避免不必要的法律风险和成本。

综上所述，签订三方变更协议将土地受让人变更为子公司是一个涉及法律、税务和经营管理等多个方面的复杂操作。在实际操作中，应充分了解相关法律规定和程序要求，并谨慎处理各个环节以确保操作的合法性和有效性。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。