当公司中的法人股东注销时，其原持有的股权处理需要遵循一定的法律程序和公司章程规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、股权处理的基本原则

1. 遵循法律法规：处理法人股东注销后的股权问题，首先应严格遵守《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国公司登记管理条例》等相关法律法规。

2. 参照公司章程：公司章程是公司内部的“宪法”，对股东的权利义务、股权转让等有明确规定。因此，处理股权时应首先查阅公司章程，看是否有对法人股东注销后股权处理的特别约定。

二、具体处理方式

1. 法人股东注销前已对股权作出安排：

   • 若法人股东在注销前已对其股权进行了合法处置（如转让、赠与等），并且公司其他股东同意此安排，则按照相关协议或决定执行，并办理相应的股东变更登记手续。
   • 若公司其他股东不同意该法人股东的处分行为，且行使了优先购买权，则法人股东的股东（出资人）只能就公司其他股东购买目标股权支付的价款主张权利。

2. 法人股东注销前未对股权作出安排：

   • 在这种情况下，法人股东注销后，其股东资格随之消灭。其股东（出资人）可以根据《公司法》的相关规定，就目标股权的财产价值主张权利。
   • 公司可以与法人股东的全体股东协商确定目标股权的价值，并将相应的股权价款支付给法人股东的全体股东。若直接支付存在问题或障碍，则可以考虑将股权价款提存，并根据不同情况设定提存条件。

三、后续步骤

1. 修改公司章程：根据股权变更情况，及时修改公司章程中关于股东信息、股权结构等内容，并按规定备案。

2. 办理工商变更登记：完成股权处理和公司章程修改后，及时向工商行政管理部门办理股东变更登记手续，确保公司登记信息的准确性和合法性。

四、注意事项

1. 确保手续合法合规：在处理过程中，应确保所有手续都符合法律法规的要求，避免产生法律纠纷。

2. 保护其他股东权益：在处理法人股东注销后的股权问题时，应充分考虑其他股东的权益，确保公平合理。

3. 及时办理变更登记：股权变更后，应及时办理相关变更登记手续，以确保公司的正常运营和合法性。

综上所述，处理公司中法人股东注销后的股权问题是一项复杂而细致的工作。公司应根据具体情况采取合适的措施，并咨询专业律师的意见以确保处理的合法性和有效性。