物业服务企业若对业主顶楼违规搭建未及时上报相关部门，将由区房屋行政管理部门责令改正，并可处以一千元以上一万元以下的罚款。以下是对此问题的详细分析：

一. 相关法律依据

1. 《上海市住宅物业管理规定》第五十九条：物业服务企业发现业主、使用人在物业使用、装饰装修过程中有违反国家和本市有关规定以及临时管理规约、管理规约行为的，应当依据有关规定或者临时管理规约、管理规约予以劝阻、制止；劝阻、制止无效的，应当在二十四小时内报告业主委员会和有关行政管理部门。有关行政管理部门在接到物业服务企业的报告后，应当依法对违法行为予以制止或者处理。
2. 《上海市住宅物业管理规定》第八十七条：物业服务企业违反本规定第五十九条规定，对业主、使用人的违法行为未予以劝阻、制止或者未在规定时间内报告有关行政管理部门的，由区房屋行政管理部门责令改正，可处一千元以上一万元以下的罚款。

二. 情况分析

• 在本问题中，业主在顶楼进行违规搭建，而物业未及时上报相关部门，这直接违反了《上海市住宅物业管理规定》第五十九条的要求。
• 根据该规定，物业服务企业有义务对业主的违法行为进行劝阻、制止，并在劝阻、制止无效后二十四小时内报告有关行政管理部门。
• 由于物业未履行这一义务，根据《上海市住宅物业管理规定》第八十七条，物业服务企业将面临由区房屋行政管理部门责令改正，并可处以一千元以上一万元以下的罚款的处罚。

三. 结论与建议

• 结论：物业服务企业若对业主顶楼违规搭建未及时上报相关部门，将受到区房屋行政管理部门的责令改正，并可能面临一千元以上一万元以下的罚款。
• 建议：物业服务企业应加强对小区内违法行为的巡查和监管，一旦发现业主有违规行为，应立即进行劝阻、制止，并在规定时间内上报有关行政管理部门，以避免可能的法律责任。同时，也建议业主遵守相关法律法规和小区规定，共同维护小区的和谐与秩序。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。