针对您提出的“楼顶未通知业主建筑物怎么处理”的问题，这确实是一个涉及业主权益和行政程序合法性的重要议题。以下是我对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，任何涉及建筑物（包括楼顶建筑物）的处理，都应当遵循法定程序，并充分保障业主（即建筑物的所有人或管理人）的程序性权利。这包括但不限于通知业主、听取业主的意见和申辩、确保业主有足够的时间进行准备和应对等。

在您所描述的情况下，如果楼顶建筑物被认定为违法建设，并且行政机关在未有效通知业主的情况下就进行了处理（如拆除），那么这种行为很可能构成程序违法。根据相关法律法规和行政复议案例，行政机关在查处认定违法建筑过程中，应当尽到积极联系和全面调查的职责，对违法建筑当事人、建筑信息、是否取得规划许可等事实进行核实。如果行政机关未能做到这一点，就可能导致其作出的行政行为（如限期拆除通知书）被认定为违法。

具体来说，如果行政机关在未查明楼顶建筑物的所有人或管理人、未听取其意见和申辩、未给予其足够的时间进行准备和应对的情况下就进行了处理，那么这种行为就违反了行政程序合法性的原则。业主有权向相关行政机关提出异议，并申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

此外，如果楼顶建筑物确实存在违法建设的情况，行政机关也应当依法进行查处。但在查处过程中，必须严格遵循法定程序，确保业主的程序性权利得到充分保障。例如，行政机关可以先发出《权利义务告知书》，告知业主陈述申辩的权利，并要求其在规定时间内接受调查。在查明事实、收集充分证据后，再依法作出限期拆除通知书等行政行为。

综上所述，针对楼顶未通知业主建筑物的问题，业主应当积极维护自己的合法权益，向相关行政机关提出异议，并申请行政复议或提起行政诉讼。同时，行政机关也应当严格遵循法定程序进行查处工作，确保业主的程序性权利得到充分保障。