公开招标代理公司费用一般由招标人承担，但如果双方在合同中有特别约定，则可以从其约定由中标人承担。具体分析如下：
一. 费用承担的一般原则
- 招标人承担：根据《招标代理服务收费管理暂行办法》第十条，招标代理服务实行“谁委托谁付费”。通常情况下，招标人会委托招标代理机构进行招标事宜，因此招标代理费用应由招标人承担，并可计入工程前期费用。
- 合同约定的例外：虽然一般由招标人承担，但如果招标人与中标人在合同中明确约定了此笔费用由中标人支付，那么应按照合同约定执行。
二. 招标代理机构的角色与要求
- 招标代理机构是依法设立、从事招标代理业务并提供相关服务的社会中介组织。它们应当具备从事招标代理业务的营业场所和相应资金，以及能够编制招标文件和组织评标的相应专业力量。
三. 实际操作中的考虑
- 在实际操作中，招标代理费的承担方式可能会因项目具体情况、市场惯例及双方协商结果而有所不同。因此，在签订招标代理合同时，双方应明确约定费用的承担方式，以避免后续纠纷。
综上所述，公开招标代理公司费用一般由招标人承担，但双方合同中有特别约定的除外。我建议在实际操作中，双方应充分协商并明确约定费用的承担方式，以确保招标活动的顺利进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。