怀孕期间不能去工作单位，想要办理停薪留职，这个问题需要从多个角度来探讨其合理性。

首先，从法律层面来看，怀孕的员工享有特殊的法律保护。根据劳动法的相关规定，女性职工在怀孕期间，单位是不能单方面决定其停职或解雇的。同时，《女职工劳动保护特别规定》也明确指出，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。因此，如果单位出于对员工健康的考虑，可以与员工协商，为其安排更为轻松的工作岗位，或者在双方自愿和协商一致的情况下，办理停薪留职。这种安排必须确保员工的权益得到合理保障，不能损害员工的合法权益。

其次，从实际操作层面来看，停薪留职需要双方协商一致，并签订相关协议。在协议中，应明确停薪留职的期限、待遇、双方的权利和义务等内容。如果双方能够达成一致，并且符合相关法律法规的规定，那么办理停薪留职是合理的。

然而，也需要注意到一些特殊情况。比如，如果单位未经员工同意就擅自决定停薪留职，或者停薪留职的协议内容不合法、不合理，那么这种做法就是不合法的。此时，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，怀孕期间不能去工作单位想要办理停薪留职，其合理性取决于具体情况和法律法规的规定。在双方协商一致、符合法律法规的前提下，办理停薪留职是合理的。但如果单位擅自决定或者协议内容不合法、不合理，那么员工有权维护自己的合法权益。