在母亲去世、继父还在的情况下，女儿如何继承母亲的遗产并达成协议，这是一个涉及继承法规定和家庭关系处理的问题。以下是根据您提供的情况，结合相关法律知识给出的详细解答：
一、确定遗产范围
首先，需要明确母亲的遗产范围。这包括母亲的个人财产，如婚前购买的房产、车辆、存款、股票、珠宝等，以及婚后与继父共同财产中属于母亲的份额。如果母亲与继父有共同财产，应先进行财产分割，确定母亲遗产的具体数额。
二、遗嘱与遗赠扶养协议的优先性
遗嘱继承：
- 如果母亲生前立有合法有效的遗嘱，并且遗嘱中明确指定了继承人及遗产分配方式，那么应严格按照遗嘱执行。
- 如果遗嘱中指定了女儿为继承人，女儿将按照遗嘱的分配方式继承母亲的遗产。
遗赠扶养协议：
- 如果母亲与他人（包括继父或其他人）签订了遗赠扶养协议，并且扶养人已经履行了扶养义务，那么扶养人有权依据协议取得相应遗产。
- 这种情况下，遗赠扶养协议优先于法定继承，但如果协议中未涉及全部遗产，剩余部分仍按法定继承处理。
三、法定继承情况
如果母亲没有立遗嘱或遗嘱无效，那么将按照法定继承顺序处理遗产。在法定继承中，女儿作为母亲的直系血亲，享有继承权。同时，如果继父与母亲形成了合法的婚姻关系，并且与女儿形成了扶养关系，那么继父也将作为法定继承人之一。
继承人资格：
- 女儿作为亲生子女，是法定的第一顺序继承人。
- 继父如果与母亲有合法的婚姻关系，并且与女儿有扶养关系，也享有继承权。
遗产分配原则：
- 在法定继承中，同一顺序的继承人一般应均等分配遗产。
- 如果女儿或继父中有生活有特殊困难又缺乏劳动能力的，应予以照顾，可以多分遗产。
- 如果继父或女儿中的某一方对被继承人（即母亲）尽了主要扶养义务或与被继承人共同生活的，可以多分遗产。
四、协议达成
家庭协商：
- 女儿和继父应首先通过家庭协商的方式，就遗产的分配达成共识。
- 可以考虑各自的经济状况、对母亲的扶养贡献、未来的生活需求等因素，进行公平合理的分配。
书面协议：
- 协商达成一致后，应签订书面协议，明确遗产的分配方式、具体数额、支付时间等细节。
- 协议应由双方签字确认，并可以请律师或公证人进行见证或公证，以增强协议的法律效力。
执行协议：
- 协议签订后，双方应按照协议的内容执行遗产的分配。
- 如果在执行过程中发生争议或纠纷，应首先通过协商解决；协商不成的，可以向人民法院提起诉讼，由法院依法判决。
五、注意事项
- 法律咨询：在处理遗产继承问题时，建议咨询专业律师，了解相关法律规定和程序，确保自己的合法权益得到保护。
- 保留证据：在协商和分配遗产过程中，应保留好相关证据和文件，如遗嘱、遗赠扶养协议、财产清单、支付凭证等，以备不时之需。
综上所述，女儿继承母亲的遗产并达成协议需要明确遗产范围、了解遗嘱与遗赠扶养协议的优先性、按照法定继承顺序处理遗产、通过家庭协商达成书面协议并执行。在整个过程中，应咨询专业律师并保留好相关证据和文件。