针对“违规持有的非上市公司股票怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，违规持有非上市公司股票通常指的是违反了相关法律法规或特定组织（如公司、政府机构等）的内部规定而持有的股票。处理这类问题，需要依据具体的违规情况和相关法律法规来进行。
对于党员干部来说，根据《中国共产党纪律处分条例》的相关规定，违规持有非上市公司股份是违反党的纪律的行为，可能会受到警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等处分。同时，违规所得及孳息也可能会被收缴。
对于一般投资者而言，如果违规持有非上市公司股票，可能会面临以下几种处理情况：
强制转让或出售：如果违规持有的股票数量不多，且没有对公司或市场造成重大影响，监管机构可能会要求违规者强制转让或出售这些股票，以消除违规状态。
罚款或行政处罚：对于较严重的违规行为，监管机构可能会对违规者处以罚款或进行其他行政处罚，如禁止在一定期限内参与市场活动等。
法律诉讼：如果违规行为涉及欺诈、内幕交易等违法行为，违规者可能会面临法律诉讼，甚至刑事责任。
内部处理：如果是在公司内部发生的违规行为，公司可能会依据内部规定对违规者进行处分，如降职、解雇等。
此外，如果违规持有的非上市公司后来上市了，处理起来可能会更加复杂。这需要根据违规者的主观意图、行为性质、对公司和市场的影响等因素来综合判断。一般来说，如果违规者在公司上市前已经持有这些股票，并且没有利用职权或内幕信息获取不当利益，那么可能会按照违规拥有非上市公司股份来处理；如果违规者在公司上市后利用职权或内幕信息获取了不当利益，那么可能会面临更严重的处罚。
综上所述，违规持有的非上市公司股票的处理方式取决于具体的违规情况和相关法律法规。对于投资者来说，最重要的是遵守相关法律法规和内部规定，避免违规行为的发生。如果不幸涉及违规问题，应积极配合监管机构的调查和处理工作，并承担相应的责任。