当标的公司已经注销，且法院后续判决相关的股权转让合同无效时，处理返还问题会相对复杂。以下是我根据法律实务经验为您提供的详细解答：

1. 返还原则：

   • 股权转让合同被法院认定无效后，基于该合同所取得的财产应当予以返还。但由于标的公司已经注销，其法人资格已经消灭，无法直接作为返还主体。
   • 在此情况下，应追溯至公司注销前的财产状况，以及注销时是否进行了合法的清算程序。

2. 返还路径：

   • 如果公司注销前已进行清算：应查看清算报告，了解股权转让款是否已被纳入清算范围，并按照清算方案进行了处理。若已处理，则可能涉及向清算组或相关债权人主张权利。
   • 如果公司注销未进行清算或清算不合法：可以追究公司股东、董事、监事等责任主体的法律责任，要求其承担因未依法清算而导致的返还义务。

3. 具体返还方式：

   • 货币返还：如果股权转让款仍以货币形式存在，应直接返还给原股权转让人。
   • 资产返还：如果股权转让款已转化为公司资产，且资产尚存，应评估资产价值并返还相应价值的资产。
   • 赔偿损失：如果因合同无效导致原股权转让人遭受损失，责任主体还应承担赔偿责任。

4. 法律程序：

   • 在确定返还路径和方式后，可以通过协商、调解或诉讼等方式来维护自身权益。
   • 若选择诉讼途径，应准备好相关证据材料，如股权转让合同、公司注销证明、清算报告等，并依法向法院提起诉讼。

5. 注意事项：

   • 在处理此类问题时，应充分考虑公司注销的合法性、股权转让合同的无效原因以及责任主体的确定等因素。
   • 建议咨询专业律师，以获取更具体的法律意见和诉讼策略。

综上所述，标的公司注销后法院判决股权转让合同无效时的返还问题涉及多个方面，需要根据具体情况进行综合分析和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。