发现公司采购吃回扣3000元，这是一个比较严肃的问题，需要公司采取合适的措施来处理。以下是我作为专业律师，结合公司法和相关法律法规，给您提供的具体建议：

1. 确认事实并收集证据：

   • 首先，公司需要确认采购吃回扣的事实，并收集相关证据，如交易记录、聊天记录、证人证言等，以确保后续处理的合法性和正当性。

2. 依据公司制度处理：

   • 根据公司内部的规章制度，对吃回扣的采购人员可以进行相应的处分。如果情节较轻，可以给予警告、降职、扣绩效奖金等处分；
   • 如果情节严重，公司可以解除与其的劳动合同，并且不支付经济补偿金，同时要求返还回扣。

3. 考虑法律责任：

   • 吃回扣的行为可能涉嫌犯罪。如果采购人员是国有公司的工作人员，可能构成受贿罪；
   • 如果采购人员是非国有公司的工作人员，可能构成非国家工作人员受贿罪。公司可以考虑向司法机关报案，追究其刑事责任。

4. 完善内部管理：

   • 此次事件也反映出公司内部管理可能存在的问题。公司应加强对采购等关键岗位的管理和监督，建立完善的内部控制机制，防止类似事件再次发生。

综上所述，公司发现采购吃回扣3000元后，应先确认事实并收集证据，然后依据公司制度进行处理，并考虑是否追究其法律责任。同时，公司也应加强内部管理，维护自身的利益和经营秩序。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。