当公司合法权益受到侵犯时，处理该问题需要一系列系统而全面的措施。以下是根据您提供的参考信息整合的详细解答：

一、明确侵权类型与调查取证

1. 明确侵权类型

   • 首先，公司需要明确侵权的具体类型，比如是知识产权侵权、合同违约，还是不正当竞争等。这有助于公司后续采取更具针对性的应对措施。

2. 内部调查

   • 组织公司法务、财务、业务等相关部门对侵权事件进行全面调查，查明侵权行为的具体细节，包括侵权时间、涉及人员、侵权方式以及由此造成的损失等。

3. 证据收集

   • 通过合法途径广泛收集证据，这些证据可以包括书面文件（如合同、协议、发票）、电子数据（如邮件、聊天记录）、视听资料（如监控录像、录音）以及证人证言等。
   • 必要时，可以通过公证或鉴定等方式增强证据的法律效力。

二、尝试和解与协商

1. 发出警告函

   • 在掌握充分证据后，公司可以向侵权方发出正式警告函，明确指出其侵权行为，并要求立即停止侵权并赔偿损失。

2. 和解协商

   • 双方可以直接或通过律师、第三方调解机构进行协商，寻求合理的解决方案。公司应明确表达自身诉求，并努力达成赔偿协议。

三、利用行政投诉

1. 确定管辖机关

   • 根据侵权类型，向相应的行政机关（如知识产权局、市场监督管理部门、公安机关）提交投诉。

2. 提交投诉材料

   • 准备并提交包括公司营业执照、身份证明、侵权证据及损失说明等在内的投诉材料，以协助行政机关了解情况并展开调查。

四、启动司法程序

1. 民事诉讼

   • 若协商不成，公司可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求侵权方停止侵权、赔偿损失、消除影响等。
   • 在诉讼过程中，公司需要提供充分证据，并积极参与庭审。

2. 刑事控告

   • 对于构成犯罪的侵权行为，如侵犯商业秘密罪、假冒注册商标罪等，公司应及时向公安机关报案，并追究侵权方的刑事责任。
   • 同时，公司可以通过刑事附带民事诉讼要求侵权方赔偿损失。

五、加强内部管理与预防

1. 知识产权管理

   • 定期进行知识产权审计，确保所有知识产权的合法性和有效性。
   • 加强员工知识产权培训，提高保护意识。

2. 内部规章制度

   • 制定和完善知识产权申请、使用、转让等流程，防止内部泄露和不当使用。

六、利用媒体与构建合作网络

1. 媒体力量

   • 通过公开声明、新闻发布会等形式，向公众揭露侵权事实，表达维权立场。

2. 构建合作网络

   • 积极寻求与其他企业、行业协会、政府部门及国际组织的合作，共同打击侵权。

七、关注国际动态与跨国侵权

• 密切关注国际知识产权法律动态，了解不同国家和地区的法律差异和司法实践。
• 遭遇跨国侵权时，迅速反应，选择合适的法律途径进行维权。

综上所述，当公司合法权益受到侵犯时，应综合运用多种手段形成全方位的维权策略，以确保自身合法权益得到有效保护。