非法建筑用于经营并办理了营业执照，一般不可主张停产停业补偿。具体分析如下：

一. 非法建筑的法律性质

1. 非法建筑的定义：根据相关法律法规，非法建筑通常指的是未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物。这类建筑在法律上是不被认可的，因此其存在本身就具有违法性。
2. 法律后果：由于非法建筑的违法性，其通常无法享受与合法建筑相同的法律保护。在面临拆迁、征收等情形时，非法建筑往往无法获得与合法建筑相同的补偿。

二. 停产停业补偿的适用条件

1. 合法经营：停产停业补偿通常针对的是合法经营的企业或个体工商户。非法建筑用于经营，虽然可能取得了营业执照，但其建筑本身的非法性并不因营业执照的取得而改变。
2. 补偿原则：停产停业补偿的目的是为了弥补因征收、拆迁等行为导致企业或个人无法继续经营而遭受的损失。然而，由于非法建筑本身就不应存在，因此其经营行为也不应受到法律保护，更不应获得停产停业补偿。

三. 结合实际情况的分析

• 例如，某企业在非法建筑内进行生产活动，并办理了营业执照。然而，当该建筑面临拆迁时，由于建筑的非法性，该企业无法主张停产停业补偿。即使其有营业执照，也不能改变建筑非法的事实，因此不能享受与合法建筑相同的补偿待遇。

综上所述，非法建筑用于经营并办理了营业执照，由于建筑本身的非法性，一般不可主张停产停业补偿。我的观点是，在面临类似情况时，相关当事人应充分了解法律法规，避免不必要的法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。