以公司名义协助办理工程项目审批收取费用是否合法，取决于具体情况和相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 公司名义与行为合法性

• 根据《中华人民共和国公司法》第五条，公司从事经营活动必须遵守法律、行政法规，并承担社会责任。因此，若公司以协助办理工程项目审批为名收取费用，该行为必须符合法律规定，且公司需对其行为的合法性负责。

二. 资质与权限要求

• 在工程项目审批过程中，涉及多个环节和部门，公司需具备相应的资质和权限才能参与。若公司未经授权或不具备相应资质而擅自协助办理审批并收费，可能构成违法行为。

三. 费用收取的合法性

• 公司若以协助办理工程项目审批为由收取费用，需明确费用的性质、用途及收取标准，并确保该行为符合相关法律法规的规定。若费用收取存在违法违规情况，如未经批准擅自设立收费项目、提高收费标准等，则可能构成违法行为。

四. 职务侵占与贪污罪的界定

• 若公司工作人员利用职务之便，在协助办理工程项目审批过程中非法收取费用并占为己有，可能触犯《中华人民共和国刑法》第二百七十一条规定的职务侵占罪。若涉及国有公司或国有单位的工作人员，并出现侵吞、窃取、骗取或以其他手段非法占有公共财物的行为，还可能构成贪污罪。

五. 我的建议

• 明确资质与权限：公司在协助办理工程项目审批前，应确保自身具备相应的资质和权限。
• 合法合规收费：若公司决定收费，应确保费用的收取符合相关法律法规的规定，并明确费用的性质、用途及收取标准。
• 建立健全内部控制机制：公司应建立健全的内部控制机制，监督收费行为的合规性，防止职务侵占、贪污等违法行为的发生。

综上所述，以公司名义协助办理工程项目审批收取费用是否合法，需根据具体情况和相关法律规定进行判断。公司应确保自身行为的合法性，并建立健全的内部控制机制，以维护公司的法律权益和声誉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。