关于股份被别人偷偷侵占的认定和处理流程，我可以为您提供以下详细的解答：
一、股份被侵占的认定
首先，您需要明确股份被侵占的具体情况，并准备好相关证据。股份被侵占通常表现为未经您同意，您的股份被他人非法转让、占有或行使股东权利。这可以通过公司章程、出资证明、股东名册、股权转让协议等文件来证实。
二、处理流程
收集证据：
- 仔细查看公司章程，确认您的股份份额和股东权利。
- 收集出资证明，如银行转账记录、收据等，证明您已履行出资义务。
- 核对股东名册，确保您的股东身份被正确记录。
- 如果存在股权转让协议，梳理协议细节，确认是否存在非法转让的情况。
协商解决：
- 在收集到足够证据后，您可以尝试与侵占方进行协商，要求其返还股份并赔偿损失。
- 如果协商无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
法律诉讼：
- 向法院提起诉讼，请求确认您的股东资格与股份份额。
- 在诉讼中，您需要明确侵占行为的事实，并提供相关证据来支持您的主张。
- 如果法院认定侵占行为成立，您可以要求侵占方返还股份，并赔偿因此造成的经济损失。
执行判决：
- 如果您胜诉，法院会作出相应的判决。
- 您可以通过强制执行程序，要求侵占方履行判决，恢复您的股份权益。
三、法律依据
根据《公司法》等相关法律，股东的合法权益受法律保护。任何未经股东同意而非法侵占其股份的行为，都是违法的，并应承担相应的法律责任。
四、注意事项
- 诉讼时效：请注意诉讼时效的相关规定，及时提起诉讼以维护自己的权益。
- 证据保全：在收集证据时，要确保证据的真实性、合法性和关联性，并妥善保管，以防丢失或被篡改。
综上所述，如果您的股份被别人偷偷侵占，您可以通过收集证据、协商解决、法律诉讼和执行判决等步骤来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。