对于“不按规定制作运单由谁处罚”的问题，首先我们需要明确的是，这通常涉及到交通运输管理部门的职责和相关的法规规定。

结论：不按规定制作运单，一般由交通运输主管部门进行处罚。

分析说明：

1. 法规依据：根据《危险货物道路运输安全管理办法》的相关规定，危险货物承运人应当制作危险货物运单，并交由驾驶人随身携带。若未按照规定制作危险货物运单或者保存期限不符合要求，交通运输主管部门将责令改正，并处以2000元以上5000元以下的罚款。

2. 处罚实例：在实际执法中，如内蒙古兆运物流有限公司因未按规定制作危险货物运单，被鄂尔多斯市交通运输综合行政执法支队依据相关法规处以罚款。这表明，不按规定制作运单确实会受到交通运输主管部门的处罚。

3. 普遍适用性：虽然上述具体案例涉及的是危险货物道路运输，但类似的规定和处罚原则也适用于其他类型的货物运输。不按规定制作运单，无论是危险货物还是普通货物，都可能面临交通运输主管部门的处罚。

法律建议：

• 货物运输企业应严格遵守相关法规，确保每次运输都按规定制作运单，并妥善保存。
• 驾驶人应随身携带运单，以备交通运输主管部门检查。
• 如遇交通运输主管部门检查或处罚，应积极配合，并及时整改存在的问题。

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