违法制作电子运单，将由交通运输主管部门责令改正，并处2000元以上5000元以下的罚款。具体分析如下：

一. 违法制作电子运单的处罚规定

• 依据《危险货物道路运输安全管理办法》第六十条第（二）项规定，交通运输主管部门对危险货物承运人未按照规定制作危险货物运单或者保存期限不符合要求的，应当责令改正，并处2000元以上5000元以下的罚款。这表明，违法制作电子运单将面临明确的法律处罚。

二. 实际案例

• 例如，在某案例中，一家物流有限公司因驾驶员工作疏忽未按照规定制作当日危险货物运单，被交通运输主管部门依据上述法规处以3000元罚款。这反映了法规在实际执法中的应用，以及违法制作电子运单所可能面临的处罚后果。

我建议企业应加强内部管理，确保危险货物运单的制作符合法规要求，避免因此类违规行为而遭受法律处罚。同时，驾驶员和押运员也应提高法律意识，确保运输过程中的所有文件均合法、有效。如有进一步需要，您可以继续咨询我。