针对电子运单与交通运输规定不符的情况，处罚措施需结合具体违规情形、法律法规及地方性规定综合判断，常见处罚方式如下：

1. 行政处罚

   • 罚款：根据《中华人民共和国道路运输条例》《快递暂行条例》等规定，若电子运单信息不完整、虚假或与实际运输内容不符（如货物种类、重量、目的地等），交通运输主管部门可对运输企业或个人处以罚款。例如：
     
     • 快递企业未按要求记录运单信息，可能面临5000元以上3万元以下罚款（《快递暂行条例》第四十二条）；
       
     • 道路运输企业未如实填写电子运单，可能被处1000元以上3000元以下罚款（《道路货物运输及站场管理规定》第六十一条）。
       
   • 责令整改：要求限期修正运单信息，完善内部管理流程。
     
   • 停业整顿：情节严重（如多次违规、涉及危险品运输等），可能被责令停业整顿，甚至吊销经营许可证。

2. 刑事责任（极端情况）

   • 若电子运单不符涉及伪造、变造公文证件（如虚构运输资质），或与走私、非法运输危险品等犯罪行为相关，可能触犯《刑法》第二百八十条（伪造国家机关公文罪）或第一百三十三条（危险驾驶罪）等，需承担刑事责任。

3. 信用惩戒与行业约束

   • 违规记录可能被纳入交通运输信用体系，影响企业或个人信用评级，进而限制参与招投标、获得政策扶持等。
     
   • 行业协会可能对违规企业进行通报批评或行业禁入。

关键影响因素：

• 违规性质：是信息填写疏漏、故意隐瞒，还是涉及违法犯罪？
  
• 后果严重性：是否导致运输事故、环境污染或国家利益受损？
  
• 主体身份：是个人运输、企业运输，还是网络货运平台？
  
• 地方细则：部分地区（如上海、广东）对电子运单管理有更严格的地方性法规，需结合当地规定执行。

建议：
若您或企业面临电子运单合规问题，建议：

1. 立即自查运单系统，确保信息真实、完整、可追溯；
   
2. 咨询当地交通运输主管部门，明确具体整改要求；
   
3. 完善内部合规制度，避免因小失大。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险与应对策略。