结论前置：部队物业工作员工上下班出入营区大门保安不让进入，是否违法需根据具体情况判断。如果员工有正当的出入权限和理由，且保安的行为无正当理由或违反了相关管理规定，那么保安的行为可能构成违法。
详细分析：
出入权限与理由：
- 部队营区通常有一定的出入管理制度，员工需要确保自己有正当的出入权限，比如工作证、出入证等有效证件。
- 员工出入营区应有合理的理由，如上下班、执行工作任务等。
保安行为合法性：
- 保安作为营区的管理人员，有责任按照营区的出入管理制度进行管理和检查。
- 如果保安拒绝员工进入营区，需要明确其拒绝的理由是否合法、合理，比如员工是否违反了营区的出入规定，或者保安是否有误判、滥用职权等情况。
法律后果：
- 如果保安的行为确实无正当理由且违反了相关管理规定，员工可以向部队相关部门反映情况，要求纠正保安的不当行为。
- 在极端情况下，如果保安的行为构成了对员工的侵权，员工还可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
建议：
- 员工应首先确认自己的出入权限和理由是否充分、合法。
- 如果遇到保安拒绝进入的情况，可以尝试与保安沟通，了解拒绝的具体原因，并寻求合理的解决方案。
- 如果沟通无果，可以向部队相关部门或上级领导反映情况，寻求帮助和支持。
总之，判断保安不让部队物业工作员工进入营区是否违法，需要综合考虑员工的出入权限、理由以及保安的行为是否合法、合理。如果有任何疑问或争议，建议通过正当途径寻求解决方案。